企業註銷時有進項留抵怎麼辦

根據《財政部國家税務總局關於增值税若干政策的通知》（財税（2005）165號）第六條規定：
一般納税人註銷或被取消輔導期一般納税人資格，轉為小規模納税人時，其存貨不作進項税額轉出處理，其留抵税額也不予以退税。
因此，公司註銷時留抵的增值税進項税額不予以退税。