員工借老闆錢跑路算詐騙嗎

不一定算。
刑事案件中的詐騙罪是要求非法佔有為目的，通過虛構事實或者隱瞞真相的方法，騙取公私財物達到一定金額的犯罪，單純的公司法人失聯不能證明其有虛構事實的成分，況且民事判決已經贏了，還是應該通過法院執行庭申請強制執行。
法律依據：
《關於審理民間借貸案件適用法律若干問題的規定》第二十五條
出借人請求借款人按照合同約定利率支付利息的，人民法院應予支持，但是雙方約定的利率超過合同成立時一年期貸款市場報價利率四倍的除外。前款所稱“一年期貸款市場報價利率”，是指中國人民銀行授權全國銀行間同業拆借中心自2019年8月20日起每月發佈的一年期貸款市場報價利率。