非獨立核算要申報嗎

不用，併入總公司就好了。非獨立核算分公司不屬於獨立核算的納税人，財務併入總公司統一核算管理，要建立有關輔助帳、明細帳，具體根據總公司要求確定。
《中華人民共和國税收徵收管理法》第十九條
納税人、扣繳義務人按照有關法律、行政法規和國務院財政、税務主管部門的規定設置帳簿，根據合法、有效憑證記帳，進行核算。