廠里扣員工工資合法嗎

不合法。根據相關的《勞動法》規定，公司是不能剋扣員工的工資，也就是説，工資應該按照規定的時期，以貨幣支付給勞動者本人，不能剋扣或是無故的拖欠員工的工資。
《勞動法》第五十條：工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得剋扣或者無故拖欠勞動者的工資。