單位扣加班費合法嗎

不合法的。加班是要給付加班費的，國家規定加班費標準在法定節假日期間，用人單位安排勞動者工作的，應支付不低於勞動者工資的300%的工資報酬，並不得以調休、補休替代。如果是在休息日期間應支付不低於勞動者工資的200%的工資報酬。

法律依據：《勞動合同法》 第七十九條

發生勞動爭議後，當事人應當先向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁，對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提起訴訟。