行政訴訟被告主體不當如何處理

被告主體錯誤，所訴被告並不存在，訴訟標的存在問題，故應當駁回原告起訴。當然，原告可以另行變更被告後再行起訴。
在訴訟過程中不允許原告變更被告，更正錯誤的主體為正確的被告。因為變更被告則意味着承擔責任主體的徹底變化，意味着案件由一個訴訟更改為另一個訴訟，故不應允許更正錯誤的主體為正確的被告,原告應當另行起訴。
《行政訴訟法司法解釋》
第三條規定，有下列情形之一，已經立案的，應當裁定駁回起訴：
(一)不符合行政訴訟法第四十九條規定的;
(二)超過法定起訴期限且無正當理由的;
(三)錯列被告且拒絕變更的;
(四)未按照法律規定由法定代理人、指定代理人、代表人為訴訟行為的;
(五)未按照法律、法規規定先向行政機關申請複議的;
(六)重複起訴的;
(七)撤回起訴後無正當理由再行起訴的;
(八)行政行為對其合法權益明顯不產生實際影響的;
(九)訴訟標的已為生效裁判所羈束的;
(十)不符合其他法定起訴條件的。
人民法院經過閲卷、調查和詢問當事人，認為不需要開庭審理的，可以逕行裁定駁回起訴。
其中本條第三款規定的“錯列被告且拒絕變更的”，是指法院已經確定當事人告錯了，但是其拒絕更改的行為。